La Copa la juegan los campeones de todas las zonas, con el agregado de los 6 subcampeones de las zonas A, la ubicación de estos equipos en la grilla se realizó por sorteo.
Los campeones de las zonas A y 2 subcampeones de las zonas A comenzarán su participación en los Octavos de final.
Los partidos se juegan por eliminación directa, en caso de empate se definirán por serie de 5 (cinco) penales.
La suspensiones pendientes del Torneo Apertura 2009 tienen validez para la Copa de Campeones.
